Sus primeras novelas aparecieron primero como folletines en la prensa. En 1856 publica su primera novela, Cinco Minutos, seguido de A Viuvinha en 1857. En ese mismo año alcanzó notoriedad con la publicación de O Guarani, con la que dio inicio a una trilogía indigenista que completó con Iracema (1865) y Ubirajara (1874). En 1872 nació su hijo Mário de Alencar. Según una versión no confirmada, en realidad sería hijo de Machado de Assis, dando así respaldo a la novela Dom Casmurro.^[] Enfermo de tuberculosis, viajó a Europa en 1877, para intentar un tratamiento médico que fracasó. Ese mismo año falleció en Río de Janeiro. Machado de Assis, que estuvo presente en el velorio de Alencar, quedó muy impresionado al ver la pobreza en la que vivía la familia Alencar.